Pećine su brojne i po veličini variraju od potkapina do najvećeg do sada poznatog pećinskog sistema u Srbiji, Ušačkog pećinskog sistema.Pored veličine, ovaj sistem i po drugim karakteristikama predstavlja jedan od najzanimljivijih speleoloških objekata u Srbiji i predstavlja jedno od temeljnih vrednosti rezervata.
Sistem se sastoji od dve pećine i jedne jame čiji su kanali međusobno povezani i imaju ukupnu dužinu od 6185 m. Najveći deo sistema čini Ušačka pećina. Ima dva ulaza, prvi u selu Gornje Lopiže a drugi u koritu Uvca. Za nijansu kraća je Ledena pećina. Glavni kanal Ledene pećine prostire se praktično paralelno glavnom kanalu Ušačke pećine, na rastojanju od oko sto metara. Najmanji, ali i najinteresantniji deo Ušačkog pećinskog sistema čini jama Bezdana. Ulaz u jamu nalazi se na kraju slepe doline Miletin Do.
Kada je reč o pećinama, svakako treba izdvojiti Tubića, Baždarsku i Javorsku pećinu. Prva se nalazi u selu Lopiže, zaseok Tubići. Ima dva ulaza i povremeno je hidrološki aktivna. Baždarska pećina nalazi se u selu Ursule, deset kilometara severozapadno od Sjenice. Javorska pećina (Durulja) nalazi se um selu Bukovik i kroz nju prolazi Kalipoljska reka – reka ponornica koju na izlasku iz pećine nazivaju Vrševina i koja se uliva u Zlatarsko jezero.
Pećine na teritoriji Specijalnog rezervata prrode "Uvac" odlikuje bogatstvo pećinskog nakita taloženog iz prokapnih voda u vidu stalaktita, stalagmita, stubova, draperija, staklastih iglica itd.
Ушачка пећина
У засеоку Ушак села Горње Лопиже, и мештани и стручњаци веровали су да постоје две пећине: Ушачка и Ледена. Нико није ни слутио да је природа ту саградила један од најзанимљивијих спелеолошких објеката у Србији који, штавише, због својих елемената, представља посебан куриозитет. Истраживања су потврдила да ти улази чине јединствен пећински систем дуг више од 6.000 км, са бројним каналима у неколико нивоа, дворанама, сифонима и пећинским украсима који стварају дивне подземне дворце.
У Милетином долу је, недалеко од првог, улаз у јамски део Ушачке пећине. У „утробу” води вертикални канал дуг четрдесетак метара. Дно јаме је уско, а кроз један од два канала стиже се до импресивне Велике дворане. Доњи део јој је нагнут према везном каналу који води до главног пролаза кроз Ушачку пећину. На почетку овог канала, пратећи пролаз са стубовима пребогат украсима, стиже се до Ледене пећине која завршава излазом у кањон Увца. Укупна дужина свих канала тог дела је око 2.100 м.
Ледена пећина
Тубића пећина
Северозападно од Сјенице, у селу Тубићи, налази се истоимена пећина која има два улаза - први на 980, а други на 1.020 метара надморске висине. У плановима спелеолога, Тубића пећина је благо вијугав и умерено разгранат пространи канал. Богата је накитом и обилује терасама.
Баждарска пећина
Недалеко од ушћа Кладнице у Увац, у селу Урсуле, налази се Баждарска пећина. Улаз је 155 метара изнад нивоа Увца и она је, тврде спелеолози, једноставан вијугав канал у облику слова „S”, који се местимично шири у простране дворане. На 100 метара од улаза, најбогатија је накитом.
Јаворска лепотица - пећина Дуруља
Подножје Јавора, у засеоку Курћубићи оближњег Буковика, чува пећину Дуруљу познату и као Љепојевићка пећина или Јаворска лепотица. Није стручно истражена, али о њеном богатом пећинском накиту, дворанама, водопадима и вировина, говори се одавнина. Јаворска лепотица скрива црвено корално острво и кристале наранџасте боје.