Манастир Милешева грађен је 1218. и 1219. а живописан од 1222. до 1228. године. Основао га је краљ Владислав, син краља Стефана Првовенчаног, а унук Немањин. Владислав је Милешеву подигао као своју гробну цркву, онако као што је његов отац подигао Жичу, а дед Студеницу.

Пошто је, 1234. године, помоћу племства, збацио са престола свог старијег брата Радослава, дочекао је да се 1234. године и сам одрекне владавине у корист млађег брата Уроша. Умро је, живећи највише у Зети, седамдесетих година XIII века, а сахрањен је у својој задужбини.

Милешевска црква Светог Вазнесења Господњег зидана је по угледу на раније владарске задужбине, Студеницу и Жичу, у рашком стилу. Тај стил карактерише романски начин зидања, уобичајен у тадашњем српском приморју, прилагођен потребама Православне цркве. Сасвим је једноставна, зидана сигом, а затим омалтерисана. Грађевина је једнобродна, са две ниске певнице, широком централном и двема бочним апсидама. Првобитно је имала једну куполу, а доцније је, приликом рестаурација у XVII или XIX веку, добила још једну. Од некадашњег унутрашњег портала, зиданог вероватно по угледу на студенички, очувао се само један камени лав, доста рустично клесан. Друге пластичне декорације Милешева нема, осим плитких аркадица око купола и орнаменталних трака око потрала и неких прозора. Карактеристична је основа цркве: грађевина се шири од запада (улаза) према истоку. Црква је, у односу на друге грађевине рашког стила, доста висока.

Милешевска црква добила је око 1235. године, још једну, спољашњу припрату. Њу је Владислав дозидао да би у њој сахранио тело свог умрлог стрица Саве. Наиме, на повратку са свог другог пута по светим земљама Истока, бивши архиепископ Сава, који је 1233. године архиепископски престо уступио своме ученику Арсенију, задржао се у Бугарској, у Трнову, ту се разболео и умро 15/25. јануара 1236. године. Годину дана касније, настојањем Владислава, Арсенија, и тадашњег милешевског игумана Атанасија, Сава је пренет у Милешеву и свечано сахрањен у гроб у тек сазиданој припрати. Чињеница да је Савино тело било сахрањено у Милешеви подигла је углед и иначе поштованом манастиру. Милешева тада постаје култно место које сви походе. Зато Турци 1594. године односе мошти светитеља у Београд и спаљују га, желећи тиме да униште култ Светог Саве у српском народу. Напротив, од тада дух Светитеља, кроз прах и пепео, преточен у светосавље, још снажније живи, а манастир Милешева постаје неуништиви сведок који опомиње и надахњује.

Турци су, по први пут похарали Милешеву 1459. године. Па ипак, у њој је црквени и просветни живот, са повременим малаксалостима, трајао скоро непрекидно. У XVI веку (1543. и 1544.) у Милешеви је радила једна од првих српских штампарија, што сведочи да се у манастиру радило на књизи и писаној речи и у најтежим условима. Из околине Милешеве били су, изгледа, родом и браћа Соколовићи, од који је потурчени Мехмед постао велики везир, а други, милешевски ђак Макарије, први патријарх обновљене Пећке патријаршије.

У XVI и XVII веку многи угледни путници навраћају у манастир, понекад га затичу пренасељеног и у благостању, понекад су сведоци његових невоља.  У XVII веку вршене су знатне поправке манастирских грађевина. Крајем XVII века, у доба народних устанака, Милешева је донекле доживела судбину недалеких Сопоћана и других манастира који су се налазили на територији са које је становништво, под патријархом Чарнојевићем, пребегло у Аустрију. Турци су конаке попалили, а манастир опљачкали. Има помена да је црква опљачкана још једанпут, крајем XVIII века. Често напуштани манастир, све више је пропадао. 1857. године руски путописац и научник Гиљфердинг пише да је црква у развалинама, да зидови постоје, али да кровова нема, да су куполе скоро потпуно порушене и да их придржавају само делови сводова.

Најважнија обнова манастира Милешеве изведена је од 1863. до 1865. године, трудом пријепољских грађана. Тада су подигнути кровови и куполе, дозидана полупорушена апсида, а можда и цела грађевина над спољашњим нартексом, обновљен је живопис, заштитни зидови, манастирска воденица. Није сасвим сигурно, али изгледа да је том приликом цркви нанета и велика штета, избијањем скоро целог зида између унутрашње припрате и наоса, на коме се налазила велика композиција Смрт Богородичина, и да су том приликом страдале и друге фреске, међу којима је и Немањин портрет. Вероватно је зид, у коме се налазио и портал, био препукао и порушен до те мере да га мајстори нису могли консолидовати, него су га скоро сасвим уклонили, и на тај начин проширили саму цркву.